南京大學蘇州研究生院是2003年12月獲得教育部正式批準的以培養高層次應用型科技創新人才和高級管理人才為主要目的的公辦性質直屬異地辦學機構，在研究生招生和培養方面與南京大學校本部的學生同樣要求，并具有相同的水平和質量。2005年6月8日，南京大學蘇州研究生院正式揭牌，面向蘇州市經濟和社會發展特別是蘇州工業園區高新技術產業發展的需要，探索和發展新型的人才培養和科技創新方面的合作機制，更好地為江蘇地方經濟發展服務。

南京大學蘇州研究生院主要以培養專業學位研究生為主，目前主要招收的專業學位研究生專業有工商管理碩士（MBA）、公共管理碩士（MPA）和工程碩士（有項目管理、物流工程、工業工程等領域）。同時，還設有不同方向的研究生課程進修班以及與蘇州本地企事業單位合作的短期培訓項目。